Desde la lesión se ha sometido a dos operaciones, el 13 de mayo de 2008, para intervenirle de una rotura del ligamento cruzado de la rodilla derecha, donde también se le extrajo una parte del tendón rotuliano y de la rodilla izquierda; la segunda vez fue en junio de este año, cuando se le practicó una artroscopia en la rodilla derecha.
A pesar del largo tiempo de lesión y de la lenta recuperación Milito se muestra optimista: «Estoy dando pasos muy importantes, aunque sé que aún estoy en plena fase de recuperación. Todavía me queda tiempo para jugar un partido oficial. No sé exactamente cuánto, pero falta un poco».